Растительность заповедника представлена несколькими типами сообществ - это леса, высокогорные тундры, луга, болота и степи. Многообразие в растительном покрове определяется как высотной поясностью так и богатой флорой.
В заповеднике можно выделить несколько типов леса. Мелколиственные и смешанные леса - это так называемые вторичные леса, возникшие на месте коренного типа леса, который был уничтожен в результате разрушающих внешних факторов, таких как хозяйственная деятельность человека, сильный пожар, сход лавины (сели) и др. В заповеднике они встречаются, в основном, по Прителецким склонам, на местах активной хозяйственной деятельности человека, и редко в южных частях. Это такие породы как береза и осина. Подлесок представлен различными видами кустарников - спиреи (таволги), караганы (акация), рябины.
По долинам рек в Прителецкой части встречаются пойменные ольшаники с низким и разреженным травяным покровом.
Кроме мелколиственных лесов к вторичным типам леса относятся и смешанные леса из мелколиственных и хвойных пород деревьев. Травянистый покров развит хорошо, представлен обычно разнотравьем, но встречаются смешанные леса с доминированием в травянистом ярусе определенного вида или рода - папоротников (обычно орляк), бадана, злаков.
На заповедной территории отдельные массивы сосняков отмечены на восточном и северном побережье Телецкого озера, по долинам рек Кыга, Шавла, и некоторых притоках Чулышмана. Обычно занимают конуса выноса более менее крупных рек. Подрост представлен разными видами кустарников, часто маральником (рододендрон даурский). Есть сосняки беломошники с развитым напочвенным покровом из кустистых лишайников.
Лиственничники обычно относятся к лесам паркового типа. В заповеднике они встречаются островными насаждениями в Прителецкой части и по склонам Чулышманской долины, но наиболее распространены в центральной и южной частях заповедника. Это долины правых притоков Чулышмана, в частности Чульчи и Шавлы. Подлесок может быть из жимолости, но преобладает ерник. Травянистые формы встречаются в небольшом количестве и редко.
Пихтачи в заповеднике представлены только в его северной Прителецкой части заповедника, и небольшими насаждениями в бассейне р. Шавлы. Подлесок разнообразный, но негустой. Травянистый покров часто с папоротниковыми зарослями, встречается черника, злаки. Среди пихтача часто встречаются заболоченные ложбины со значительным участием сфагнового мха, хорошо развитым травянистым покровом и отсутствием древесного яруса.
Кедровники встречаются практически во всех частях заповедника кроме юга Джулукульской котловины. По характеру подлеска и травянистого покрова выделяют следующие типы кедровых лесов: зеленомошные, травяные (папоротниковые, вейниковые, бадановые и разнотравные), долгомошные ерниковые, горно-луговые и лишайниковые. Долгомошные кедрачи встречаются в основном в верхнем поясе гор (1500 - 2000 м). Ель сибирская довольно редко образует чистые насаждения на территории заповедника. Такие леса встречаются на Чулышманском плоскогорье по берегам рек и сфагновым болотам. В подлеске обычно представлены ива, карагана (акация), жимолость, маральник. В травянистом ярусе преобладает брусника.
Смешанные леса из кедра и пихты встречаются только в Прителецкой части, обычно в нижней части гор, возможны небольшие участки этого леса в бассейне р. Шавлы.
Еще один тип смешанного леса сформирован кедром и лиственницей. Встречается этот тип леса в основном в верхне-лесном поясе гор (1500 - 2000 м), в центральной и южной частях заповедника. Эти леса можно разделить на следующие группы: лишайниковые, травянистые, зеленомошные, долгомошные. Подлесок формирует березка круглолистная (ерник), травянисто-кустарничковый ярус из брусники и/или голубики. Лесообразующие породы следующего типа леса представлены елью, кедром и лиственницой. Обычно такие леса не занимают больших пространств и являются переходными типами леса. Так же как и вышеперечисленные леса, они делятся на определенные типы: зеленомошные, долгомошные и травяные.
Луговой тип растительности заповедника в отдельный пояс не выделяется и разделяется на следующие типы. Остепненные луга встречаются на восточном берегу Телецкого озера, в бассейне р. Чульчи (особенно по р. Яхонсору и р. Сурьяза и в урочище Кумырсхалу), вдоль Шавлы, Чулышмана и в некоторых других местах. Эти луга характеризуются большим количеством злаков и средней высотой травостоя, не более 60 см. Приурочены к более менее сухим местообитаниями, чаще по склонам южной экспозиции. Лесные луга встречаются в лесном поясе, среди леса, вдоль ручьев и рек. Эти луга сложены обычно видами высоко- и широкотравья. Характеризуются высоким и густым травостоем, при высоте до 2,5 м. В субальпийском поясе луга заповедника играют подчиненную роль, занимая в основном небольшие понижения. Только на отдельных участках Абаканского хребта, верховьев р. Чульчи и правобережья р. Шавлы субальпийские луга представлены на больших площадях. Они характеризуются богатым флористическим составом. К доминирующим видам относится горькуша широколистная, рапонтикум сафлоровидный или маралий корень, чемерица Лобеля, купальница, водосбор, копеечник южносибирский, саянелла странная и др.
Субальпийские луга можно разделить на два типа: крупнотравные и низкотравные. На низких субальпийских лугах обычны красивоцветущие виды. Альпийские луга развиваются на седловинах, в ложбинах, у снежников. Доминируют фиалка алтайская, остролодочник алтайский, горечавка купноцветковая, лютик алтайский. Встречаются эти луга в заповеднике довольно редко - на Абаканском хребте, в верховьях Чульчи и Шавлы, рядом со снежниками и ледниками.
Высокогорные тундры занимают большие площади в заповеднике и делятся на определенные типы. Болотисто-ерниковая тундра является самой распространенной группировкой на Чулышманском нагорье. В верхнем ярусе преобладает березка круглолистная (ерник), которая по берегам ручьев уступает первенство ивам и отчасти курильскому чаю. Почва сильно заболоченна. Травянистый покров состоит в основном из осок, злаков, пушицы, горцев и некоторых других. Среди описываемой тундры встречаются травянистые участки, которые в замкнутых понижениях и по берегам озер переходят в травянистые и кочковатые болота с зарослями осоки. Моховой покров обычно не выражен, но могут встречаться отдельные пятна мхов. Лишайниково-ерниковая тундра встречается на каменистых почвах и характеризуется двумя четкими ярусами - кустарниковый (ерник), который состоит из березки круглолистной и ивы; лишайниковый ярус, мощностью до 15 см из кустистых лишайников. Травянистый ярус не выражен, встречаются отдельными экземплярами. Мохово-ерниковая тундра встречается у верхней границы леса. Хорошо развитый ярус из ерника и почти сплошной моховой ковер - главные отличительные признаки этого типа тундры. Видовой состав травянистого яруса очень беден, сам травянистый ярус не очень развит. Кустарничковые тундры характеризуются хорошо развитым ярусом из шпалерных кустарничков - здесь преобладают дриада острозубчатая (куропаточья трава), шикша почти-голарктическая. Кроме того, встречаются небольшое количество трав - злаки, осоки, разнотравье, а также мхи и лишайники. Мохово-лишайниковая тундра приурочена преимущественно к широким открытым долинам истоков, где занимает слегка выпуклые склоны бугров, широкие сухие ложбинки и плосковатые площадки. Щебнисто-лишайниковая тундра встречается на сухих щебнистых склонах, вершинах вторичных хребтов. Основным признаком данного типа тундры каменистость, кроме того, нет сплошного покрова из трав, кустарников или кустарничков - встречаются только их отдельные экземпляры или небольшие группы. Напочвенный покров сложен лишайниками. В понижениях рельефа часто встречаются небольшие болотца. Каменистая тундра встречается среди крупнощебнистых и мелковалунных россыпях, в трещинах и расщелинах скал. Образуют изолированные пятна растительности из нескольких видов трав - злаки, осоки, альпийские виды, кустарников и/или кустарничков и, кроме того, здесь растут мхи и лишайники. В увлажненных местах развивается почти сплошной ковер их мха, с небольшой примесью трав (обычно осоки или злаки) и кустарников - ивы, ерник. По более сухим местам в сложении покрова начинают доминировать различные травы. Такая тундра встречается высоко в горах.
Болотный тип растительности в заповеднике развит мало. В Прителецкой части болота занимают лишь незначительные участки, и более развиты на правобережье р. Чульчи (особенно в районе оз. Сайгоныш). Болота заповедника можно подразделить на два основных типа. Зеленомошные болота занимают небольшие понижения на склонах, в местах избыточного увлажнения или вдоль рек и ручьев.
Характеризуются сплошным моховым покровом из зеленого мха с небольшими примесями осок, или кустарничков - брусники или клюквы. Травянистые болота имеют большее распространение, чем предыдущий тип и характеризуется хорошо развитым травянистым ярусом. Видовой состав трав довольно беден и обычно в таких ценозах доминируют осоки и пушицы с небольшой примесью других видов. Мхи также встречаются, но обычно их проективное покрытие относительно небольшое. Такие болота могут развиваться при зарастании небольших озер, образуя прибрежную полосу болот, которые при приближении к воде превращаются в заросли гидрофитов. Обычно это отдельные виды осок, которые образуют практически чистые заросли. Между этими двумя типами болот могут быть переходные формы. В высокогорьях болота обычно смешаны с болотистой тундрой, от которой отличаются почти полным отсутствием древесных видов, которые могут встречаться только отдельными экземплярами.
Горные степи заповедника занимают отдельные участки в долине Чулышмана и в низовьях его притоков - Кайры, Чульчи, Аксу, Чакрыма, Шавлы и на восточном побережье Телецкого озера. Отличительными признаками можно назвать доминирование в травянистом покрове дерновинных злаков и/или полыней. Делятся на два типа - высокогорные степи в южной высокогорной части, и долинные степи в северной среднегорной части заповедника. Встречаются степи по сухим склонам преимущественно южной экспозиции. В процентном отношении занимают 2% территории.
Несмотря на богатую гидрографическую сеть в заповеднике мало развита водная растительность. Заросли макрофитов в заповедной части Телецкого озера есть в Камгинском и Кыгинском заливах, у мыса Ажи и устья р. Ойор. Они образованы в основном видами из сем. Рдестовые. Представители этого же семейства распространены и в оз. Джулукуль. В небольших озерах в центральной и южной частях заповедника встречаются ежеголовник северный, лютик Гмелина, шелковник водяной, рдест альпийский и др. Вокруг зарастающих небольших озер или разливающихся ручьев, развиваются сообщества гидрофитов. Это так называемая прибрежная или околоводная растительность. Обычно это чистые заросли одного вида или сообщества из 2-х, 3-х видов - осоки, камыш, ежеголовник, лютик. Сообщества гидрофитов также встречаются на галечных отмелях рек.