На сегодняшний день в Алтайском заповеднике научным отделом ведутся работы по изучению кабарги, снежного барса, аргали, пресмыкающихся, мониторингу биоразнообразия на особо охраняемых природных территориях.
- «Ключевые орнитологические территории России» (КОТР) - одна из ведущих тем, данные которой входят в раздел «Летописи природы». КОТР – это территории, имеющие особую важность в международном значении. В Алтайском заповеднике под постоянным наблюдением и изучением находятся четыре Ключевые орнитологические территории, на них обитают такие редкие виды как чернозобая гагара, беркут, орлан-белохвост, сапсан, алтайский улар, серый журавль, лебедь-кликун, седой дятел и др.
- С 2007 года научный отдел Алтайского заповедника принимает участие в работах совместного проекта ПРООН/ГЭФ, фонда «Страна Заповедная» и компании «Русал» «Мониторинг биоразнообразия на особо охраняемых природных территориях Алтае-Саянского экорегиона». Одна из интересных и необычных тем - «Биологическая оценка качества среды ООПТ Алтае-Саянского экорегиона». По одному из направлений в ходе исследовательских работ проводится изучение ассиметрий листа березы повислой. Отклонение от нормы или его отсутствие, которые выводятся и определяются специалистами связаны с ухудшением общей экологической обстановки в исследуемом районе.
- Интересных результатов добились сотрудники Алтайского заповедника и в ходе работ по теме «Современное состояние популяции кабарги на ООПТ Алтае-Саянского экорегиона и сопредельных территориях». Полевые учетные работы проводились на территории Алтайского заповедника, Республики Хакасия, Тувы, юге Красноярского края, в рамках деятельности Ассоциации заповедников и нацпарков Алтае-Саянского экорегиона. Конечная цель проекта – оценка состояния популяции кабарги, как на заповедных, так и на не заповедных территориях.
- «Современное состояние популяции лесного северного оленя на ООПТ Алтае-Саянского экорегиона и сопредельных территориях» тема не менее важная и интересная. Северный олени (его лесной подвид) – занесен в международную Красную книгу (МСОП). Его особенность в том, что популяции северного оленя изолированы друг от друга и в связи с этим он очень уязвим. Его популяция в Алтайском заповеднике обитает на границе с заповедниками «Хакасский», (участок «Заимка Лыковых»), и «Убсунурская котловина». В Алтайском заповеднике совместно с заповедником «Хакасский» проходят совместные экспедиции по изучению северного оленя.
- «Мониторинг популяции снежного барса и аргали в ключевых территориях Алтае-Саянского экорегиона». Данная тема – одна из ключевых и наиболее значимых для Алтайского заповедника. Снежный барс «ирбис» и алтайский горный баран «аргали» – редкие, «флаговые» виды, всего Алтае-Саянского Экорегиона, занесены в международную красную книгу (МСОП). Сотрудниками Алтайского заповедника организуются и проводятся работы по изучению этих редких видов и в других местах обитания снежного барса и аргали (Тува, долина р. Аргут в Республике Алтай и др.)
В заповедник, для проведения своих исследований, наблюдений, приезжают ученые и специалисты из других учреждений страны, студенты – будущие биологи, на практику.
С этими учреждениями Алтайским заповедником заключаются договоры о научном содружестве. Так, за последнее время договоры были заключены с Сибирским Федеральным Университетом, Институтом леса СО РАН, г. Красноярска, с Ботаническим садом В.Л. Комарова, г. Санкт-Петербурга, с Удмурдским государственным университетом, с Институтом биологии моря им. А.В. Жмуринского Дальневосточного отделения РАН г. Владивостока, с Эколого-биологический центром «Крестовый остров» г. Санкт-Петербурга и др